沙眼感染早期会引起不同程度的畏光、流泪、发痒、异物感、分泌物增多等眼部不适感，严重时会发生睑结膜充血、乳头增生、滤泡形成，甚至可侵犯角膜而发生角膜血管翳。当角膜有血管翳时，刺激症状尤为显著，可有视力减退。晚期睑结膜发生严重瘢痕，眼睑内翻，使睫毛向内生长形成倒睫。睫毛持续地磨擦角膜会引起角膜混浊，晚期常因后遗症，如睑内翻、倒睫、角膜溃疡及眼表干燥等，症状更为明显，并严重影响视力。